「莫拉克」災後造成河道嚴重淤積，負責上游坡地及野溪為農委會林務局、水土保持局，及河川中、下游經濟部水利署及地方政府，無不卯足全力，至今已執行達1億3218.6萬立方公尺，其中經濟部水利署第七河川局災後加強河道疏浚與疏通，高屏溪水系至今疏濬土石已超過2381萬立方公尺；七河局同時主動與地檢署檢察官配合，建立連線監測系統，每項疏浚工程均設置管制站與24小時監控錄影，防範越區採挖或掩護盜採之違法情事發生。
水利署第七河川局表示，為加速「莫拉克」災後河川疏濬執行與增加河道通洪能力，「莫拉克」災後即已立即規劃出包括高雄市六龜區二坡段、屏東縣九如鄉等4處適當地點，設置土石儲備中心（土方銀行）、依莫拉克颱風重建條例第24條、第26條規定設置疏濬土石暫置場、並擬定完善配套措施，開放民間業者申請暫置與疏通等方式併行。
此外，水利署第七河川局辦理土石標售，目前執行方式非僅以販售為單一選擇，乃是採市場機制，即使售價低，仍以達成疏濬為目標，遇無法販售河段則調降價格再標售，最終仍以達成保護標準通洪能力為目標；且今(100)年度河川疏濬土石標售與去(99)年度比較，大致均能順利標售，且今年（100年度）價格平均尚高於去年。
「莫拉克」災後河道嚴重淤積，負責上游坡地、野溪為農委會林務局、水土保持局，河川中、下游經濟部水利署與地方政府，無不卯足全力加強河道疏浚與疏通，至今執行已超過2381萬立方公尺，已於99年度汛期間颱風、豪雨發揮成效。
為防範越區採挖或掩護盜採違法情事發生，疏濬工程配合採售分離制度，每一疏濬工區除原有採取斷面檢測工作外，於出入口皆設有管制站、地磅、監視系統，並僱用保全人員24小時監控土石外運。疏濬期間為同時主動與地檢署檢察官配合，完成建置監視系統連線在辦公室中監視，當地檢察官亦可上網即時得知現場作業情形；無法連線的工區，則要求要有24小時全程錄影存證，遇有違法清事，將主動與檢方配合進行調查。