本局現行組織依據 總統核定施行之「經濟部水利署各河川局組織通則」，組織架構為 1.置局長一人綜理局務，並指揮監督所屬員工；副局長一人，襄助局務。 2.置秘書一人，綜核文稿。 3.設工務、管理、規劃、資產等四課，分別掌理業務有關事項。 4.依法設置秘書室、人事室、主計室、政風室等四室，分別掌理行政有關事項。
