旗山堤防部分區段於88水災中遭沖毀，第七河川局秉於防洪安全為先與文化資產保存並重下，除於旗山溪大量疏濬淤積之土石外，並將既有旗山堤防加強加固，恢復堤防原始既有鵝卵石堤防風貌。
旗山堤防興建於日據昭和7年，原有堤防以就地取材於土堤表層以卵石堆砌抗洪，此次因莫拉克颱風挾帶超大雨量，造成洪水溢頂淹浸旗山地區，堤防亦因受損三處計約160m。原堤防有滲水現象，內部土石鬆動，未來恐有潰堤之虞。河川局以保護歷史文化資產為復建原則，除於堤身加固防漏，加強基腳施設保護措施，整體外觀以卵石工法修復，未來完工後可恢復原始風貌。目前工程已開工，因緊鄰台21線道路，依環保法規定施工時必須設置施工安全圍籬以維安全，並預計於5月中旬可完工。
河川局於旗山溪治理採全河段整體規劃考量逐年分段分期辦理，除既有損壞堤防改善外，並辦理河川之清淤疏濬工程。將於4月底前清疏旗山溪河段160萬立方公尺土石，並於汛期過後配合橋樑改建持續加強河川疏濬作業，以確保旗山地區免再受洪害。