旗山堤防於莫拉克風災中遭受洪水沖毀，第七河川局秉於防洪安全與文化資產保存並重下，除進行旗山溪大量疏濬淤積之土石增加通洪斷面外，亦辦理旗山堤防復建工程，以恢復堤防原有之防洪功能，復建工程自99年1月開工並於99年6月完工，確保旗山市區安全，防止災害發生。
旗山堤防興建於日據昭和七年，原有堤防係以就地取材於土堤表層以卵石堆砌抗洪，此次因莫拉克颱風挾帶超大雨量，造成洪水溢頂浸淹旗山地區，堤防亦因而受損潰堤三處計約25Om。原有砌卵石堤防因興建較久，堤身內部土砂流失，河水高漲有滲水現象，施工時並發現內部掏空情況超出預期，未來仍有潰堤之虞。河川局以尊重地方訴求及對砌石文化資產維護並兼顧河防安全為復建之原則，除強化原有堤身加固防漏，加強基腳施設保護措施，整體外觀亦應地方要求以恢復原來風貌進行修復，河川局並多次在地方舉辦地方說明會，接受地方耆老指導於獲得大多數居民認同才施工。
原有之旗山堤防以乾砌卵石工法興建，乾砌卵石須以人工逐顆堆砌，屬於相當傳統人工技術之工法，但由於費時耗工，年輕人學習意願較低，傳承不易。全台乾砌石工人材多已老邁凋零施工廠商尋遍全台，遠從大甲、箕湖地區僱請老師傅進行教導，並邀請旗山當地曾參與當時旗山堤防興建之耆老-阿財伯至現場指導，乾砌卵石係屬人工作業，河川局要求廠商以人工篩選卵石，仿照舊堤防以圍砌方式施工，由下而上逐層堆砌，每顆卵石間須相互箝制，孔隙再以碎石填縫。堤防工程以防洪安全為前提，期望於今年汛期發揮功效提供旗山地區民眾生命安全之保障，相信工程完工後應可符合大多數旗山民眾之期待。河川局已盡最大努力來恢復原有風貌，目前堤防業已完工且提高防洪功能降低旗山地區遭受洪害威脅。