旗山堤防部分區段於88水災中遭沖毀，第七河川局秉於防洪安全為先與文化資產保存並重下，除進行旗山溪大量疏濬淤積之土石外，亦辦理旗山堤防復建工程，以恢復堤防原有之防洪功能，河防安全為第一優先，防止二次災害發生，並非旗山堤防古蹟修復工程。旗山堤防因仍負有防洪功能，高雄縣政府已撤銷文化資產項列。
旗山堤防興建於日據昭和7年，原有堤防以就地取材於土堤表層以卵石堆砌抗洪，此次因莫拉克颱風挾帶超大雨量，造成洪水溢頂淹浸旗山地區，堤防亦因受損潰堤三處計約250m。原堤防有滲水現象，內部土石鬆動，未來仍有潰堤之虞。河川局以尊重地方對砌石文化資產維護精神為復建原則，除於堤身加固防漏，加強基腳施設保護措施，整體外觀應地方要求以乾砌塊石工法修復。河川局多次在地方舉辦地方說明會，除受地方耆老指導修正外，得到大多數居民認同才動工啟造。
原有之旗山堤防以乾砌卵石工法興建，乾砌卵石須以人工逐顆堆砌，屬於相當傳統人工技術性之工法，但由於費時耗工，年輕人學習意願較低，傳承不易。全台乾砌石工人材多已老邁凋零，施工廠商尋遍全台，遠從大甲、箕湖地區僱請老師傅進行乾砌卵石作業，並邀請旗山當地曾參與當時旗山堤防興建之耆老-阿財伯，於現場指導，以求與原有旗山堤防型式相近。目前堤防已達計畫防洪高度，具備防洪功能。
乾砌卵石係屬人工作業，河川局要求廠商以人工篩選大小相近之卵石，仿照舊堤防以圍砌方式施工，由下而上逐層堆砌，每顆卵石間須相互箝制，孔隙再以碎石填縫，並無結構鬆散情事。堤防工程以防洪安全為前提，期望於今年汛期能提供旗山地區民眾生命安全之保障，相信近期工程完工後應可符合大多數旗山民眾之期待。