汛期來臨，東港溪下游新園、崁頂地區，每逢颱洪豪雨即氾濫成災，在本局近年來投入人力物力積極治理下，至今年6月前已完成公告治理堤段兩岸計10公里 400公尺長之堤防計畫洪水位高度的施築，並使新園、新庄、港西、港東、萬丹等村落往年每逢大雨後嚴重淹水之情形，將可獲得明顯的改善。
未改善前之東港溪由於河道狹窄蜿蜒、私有地眾多，如龍港大橋上下游河道內多為漁塭養殖而阻礙洪水宣洩，每遇豪大雨河水即溢淹兩岸，再匯集區域排水流至下游低窪地區造成新園鄉、崁頂鄉等廣大地區的洪患災害，行政院前院長謝長廷、蘇貞昌分別於94年0612水災及95年碧利斯風災後，巡視東港溪淹水災情時，即指示水利署儘速完成下游段治理。
本局95年初完成龍港大橋上下游之整治及多件緊急應變措施，並提報東港溪下游段－麟洛排水至進德大橋治理工程實施計畫，並分年分期辦理公告治理堤段由麟洛排水匯入口至出海口進德大橋間，約12公里兩岸尚未治理施設之河段，同時對於河道內私有土地全面徵收整理，以擴大通洪斷面，並採生態工程建構，一則可維護河防安全亦兼顧河域景觀美化及生態保育。
本局自94年至96年間業投入約15億餘元，到今年6月底已完成麟洛排水至東港大橋間新建堤防達計畫洪水位高度的施築，將可有效導引上游洪水排入主流河道，疏緩該區域之淹水情形，並提供良好之河岸環境景觀，港東二號橋上游左岸整治後，亦發現消失久已之長臂蝦、季節性候鳥、水鳥、水棲生物亦不斷增多中，並造就新的生態園區。
本局針對東港溪下游段治理，預計至97年即可完成剩餘部份東港大橋下游右岸至出海口之治理，並計畫補助屏東縣政府2億5,000萬元配合辦理東港溪龍港大橋、興社大橋之改建或延長，公路局亦將配合改善東港大橋，以完成東港溪下游之整治，東港溪下游段目前已成為屏東縣舉辦各項水上活動之場所，鄰近之大鵬灣風景區亦正進行開發中，同時整治計畫可配合該風景區及東港鎮之王船祭、鮪魚季成為環狀景點之一，使治理工程充分保護兩岸居民生命財產安全，並促使東港鎮及附近地區更加繁榮發展。