本分署創設於民國十六年，職司高屏溪（前下淡水溪）水利防洪工程，當時定名為下淡水溪治水工事事務所，隸屬日台總督府。七七戰事爆發，日本政府限於經費困難，即與林邊溪工務所合併為下淡水溪與林邊溪維持工事工務所。民國三十四年台灣光復，改為台灣省行政長官公署工礦處公共工程局第六工程處。民國三十六年台灣省政府成立，即奉令改為台灣省建設廳水利局屏東工程處，民國三十九年六月，又奉令將高雄灌溉工程處業務併由本處接辦，民國四十五年五月奉令改為台灣省水利局第七工程處，民國八十七年一月奉令改為台灣省第七河川局。民國八十八年七月因精省再改為經濟部水利處第七河川局。民國九十一年三月二十八日，配合經濟部水利署成立，改隸其下更名為經濟部水利署第七河川局。民國一一二年九月二十六日，配合行政院組織改造更名為經濟部水利署第七河川分署。