1.旗山堤防於莫拉克風災中共損毀約400公尺，主要原因為集水區內降雨量過大，洪水量超過防洪保護標準，且舊旗尾橋及地景橋受漂流木影響發生阻水效應，高水位造成旗山溪旗山橋上游約400公尺範圍因溢堤而毀損，造成旗山鎮內淹水嚴重。
2.由於旗山堤防為日據時期之土堤型式，坡面為乾砌卵石工法，洪水溢堤後，砌石坡面流失且堤後坡沖刷破壞，即造成堤防潰堤。
3.本次災後復建工程本局以防洪保護功能為優先，因毀損之堤防(旗山橋上游400公尺)需重新佈設，故將復建之堤防高度依據高屏溪治理基本計畫(97年1月水利署水規所)施作至計畫堤頂高，以滿足100年防洪頻率年計畫水位加1.5公尺之出水高度。
4.由於地方團體對於旗山堤防保留既有堤防型式具有強烈之主觀意見，本局與地方團體溝通協調多次(包括地方說明會、尊懷協會之研討會及多次拜訪當地團體溝通協調)，基於尊重地方意見，採用乾砌卵石工法進行復建，以期回復原有舊堤防之外貌，並於堤址處增設基腳及蛇籠護坦工加強保護。尤其在堤防沖毀段，增加混凝土深基礎、鋼筋混凝土坡面工，針對下部結構，增強防止淘刷功能，並將堤頂加高1m以防止溢流。
5.另考量既有旗山堤防堤身孔隙率大，透水係數過高，如逢高水位易於堤後坡址產生管湧(piping)現象，造成土壤顆粒流失，堤身易遭破壞。故本復建工程，將損壞段及未損壞段之堤防以灌漿工法進行堤身補強加固工程(長1540公尺)，降低堤身透水係數達到穩固堤身之功能，詳如下標準斷面圖。

6.旗山溪旗山堤防復建工程於99年1月18日開工，已於99年6月14日完工，完工後堤防已具防洪保護功能。另本局除堤防復建工程外，亦將旗山溪河道進行全面土方疏浚，旗山地區至目前為止已疏濬土方150萬方，並持續辦理疏濬中，預計將於原有旗山溪河道斷面拓寬加深，以利通水。原有旗山橋與旗尾橋由於嚴重阻水，本局亦協調公路局盡速拆除改建(目前已拆除完成)，對於旗山溪通洪能力有明顯提升。
7.旗山堤防並非古蹟，本局為尊重地方對舊有堤防之感情，採取於復建之堤防外以砌排塊石工法，期求達成新舊堤防外觀之近似，然因乾砌卵石須以人工逐顆堆砌，屬於相當傳統人工技術性之工法，由於費時耗工，年輕人學習意願較低，傳承不易。全台乾砌石工人材多已老邁凋零，施工廠商尋遍全台，遠從大甲、箕湖地區僱請老師傅進行乾砌卵石作業，並邀請旗山當地曾參與當時旗山堤防興建之耆老現場指導，以求與原有旗山堤防型式相近。
8.堤防工程以防洪安全為前提，期望於今年汛期能提供旗山地區民眾生命安全之保障，相信應可符合大多數旗山民眾之期待。