莫拉克風災後，荖濃溪、旗山溪、隘寮溪上游段第七河川局擇定較危急之河段，已先進行河道疏通，截至98年11月已完成9件河道疏通，約疏通165萬立方公尺土方，疏通河道長度18.4公里，除緊急疏通外，亦針對下游段交通可達、影響公路橋樑及河防安全處，依疏濬急要優選原則，優先選取有住戶淹水段、排水匯入主流淤積段、有溢堤、潰堤段、隘口束縮有影響排洪段優先疏濬，共擇定4處辦理緊急疏濬，截至98年11月底共已完成疏濬100萬立方土石。
　　第七河川局於高屏溪流域99年度預計由第七河川局及地方政府共辦理17處河段疏浚，數量合計1,490萬立方，其中旗山溪由楠梓仙溪橋至匯流口至少辦理240萬方，荖濃溪溪由寶來二號橋至旗山溪匯流匯流口至少辦理700萬方，目前均發包施工中，估計99年汛期前完成1,200萬方，春節期間更預定大年初五即動工續濬；另100年度規劃辦理疏濬量1,920萬立方，後續並視實際河防需要再積極辦理疏濬。
　　除積極進行上述分年分段疏濬計畫外，因淤積河段多位於河川中、上游，囿於運輸車輛不足、地方環保、交通不易到達等因素，中、上游無法疏濬河段，已爭取經費配合河道整理、填築簡易護堤，以土石不外運方式再辦理二次緊急疏通，針對荖濃溪桃源鄉、旗山溪甲仙鄉小林村、納瑪夏鄉、濁口溪茂林鄉、隘寮北溪霧台鄉大武村等河段，由第七河川局或委託高雄縣政府或各鄉鎮公所辦理11件疏通工程以增加通洪斷面、暢通水流，並預定於99年4月30日前全數完成，以避免汛期來臨時再發生二次災害，汛期期間將以滾動式會議檢討並隨時啟動增加河段清疏。